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会计学系是南开大学成立时最早设立的系科之一，其间因院系调整而中断。1983年开始在企业管理硕士点下招收会计学方向的硕士研究生，1985年在国内首批设立审计本科专业并招生，1986年成为会计学专业硕士学位授权点。1987年会计学系正式恢复重建，2000年开始与加拿大注册会计师协会（CGA）合作培养国际会计专业方向本科生，2003年成为会计学专业博士学位授权点，2004年和2011年分别成为首批会计硕士专业学位和审计硕士专业学位培养单位。2012年会计学系的两个本科专业通过了香港会计师公会专业资格课程（QP）认证。
会计学系现有专职教师18人，其中教授5人（包括博士生导师4人），副教授10人，13名教师具有博士学位，数名教师获得教育部新世纪优秀人才、宝钢优秀教师奖、天津市优秀教师奖等荣誉称号。会计学系的主要研究方向为：公司财务、 资本市场与会计、财务会计理论与方法、审计理论与方法、会计和审计中的判断与决策、公司治理与公司财务等。
会计学系现在开设国际会计和会计学两个本科专业方向，同时招收管理会计与财务管理、财务会计理论与方法、审计理论与方法等方向的硕士研究生；招收公司财务、资本市场与会计、财务会计理论与方法、审计理论与方法、公司治理与公司财务等方向的博士研究生。
近年来，会计学系先后合作主持国家自然科学基金重点项目1项，主持国家自然科学基金项目11项，主持其他省部级以上项目12项，在国内外高水平期刊发表论文100余篇，出版专著、教材20多部，获得中国高校人文社会科学研究优秀成果奖、天津市社科优秀成果奖等多项奖励。会计学系开设的《会计学》课程被评为国家级精品课。
