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南开大学管理科学与工程系成立于1997年，其前身是1984年创办的经济信息管理专业，1997年成立信息管理系，2005年更名为管理科学与工程系。目前该系设有信息管理与信息系统、物流管理和工业工程三个本科专业，以及一个中外合作办学项目-电子商务专业。该系是南开大学管理科学与工程一学科的主要建设者，该一级学科起步较晚，但是发展速度很快。2000年7月获批管理科学与工程一级学科硕士学位授权点，2005年9月获批该学科博士学位授予权。2009年获批该一级学科博士后流动站。
管理科学与工程系现有一支结构合理、公能兼备、年轻化的师资队伍。截止2022年6月，拥有专职教师23人，其中教授5 人，副教授13人，具有博士学位教师共21人。45岁以下教师14人，占比50%，年轻富有朝气。有国家级人才计划入选者1人、中国青年科技奖获得者1人、教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者1人、天津市“131”创新型人才培养工程第一层次入选者1人，第三层次2人。同时还聘有多名海内外兼职及客座教授。
南开大学管理科学与工程一学科定位于“引领创新，服务社会，培养允公允能的管理精英”的目标，致力于与工程学科和工商管理学科融合发展，与数学、经济、工商、人文、社会学科群融合互补，具有良好的文、理、工、商交叉特点。该学科下设4个研究领域：企业运营与供应链管理方向已深入国际前沿，在逆向物流与供应链管理、供应链金融、服务供应链、供应链中断与应急管理、平台经济运营管理等领域居国际领先地位；物流系统分析与规划方向瞄准国家急需解决的物流前沿问题，在港口航运、国际物流、交通运输和地区物流等领域，有效发挥智库作用，承担多项国家部委、地方政府和企业的物流规划项目；服务科学与管理方向集中在外包与众包决策、医疗运营管理、质量管理、工程管理、项目管理等前沿热点问题；信息管理与电子商务方向集中研究新技术革命下电子商务和数字经济等问题，如IT 服务管理、电子商务和数据分析、大数据与商务智能、数字商务、数字经济、平台经济。
管理科学与工程系在人才培养方面一直遵循夯实基础、突出特色的指导方针。培养允公允能的管理精英是本学科的人才培养目标。注重宽口径、厚基础，基于我国社会实践应用需求开展高端管理科学人才的培养。具体来说，在本科层次，培养掌握先进的管理思想、量化分析方法、信息管理技术和现代商务理论与方法，能够在国内外的信息管理、电子商务、物流管理、工业工程等领域从事商业分析及科学管理工作，具有国际视野和创新能力及领导潜质的高层次复合型管理人才。在科学硕士研究生层次，培养能熟练运用信息技术、数学工具解决政府和企业的管理实践问题的应用研究型人才；在专业硕士研究生层次，培养掌握系统的工程管理理论和方法，能独立承担物流和工程管理工作的高层次、应用型管理实践人才；在博士生层次，培养具有系统的管理科学与工程理论知识和专业技能并能综合运用，以解决国家和企业现实问题的综合型高层次学术研究型人才。
本学科教师积极参加教育部、国家发改委等部委，以及天津市、河北省等多个政府部门及多家大型企业的信息化、电子商务、物流与供应链管理等领域的社会服务和决策咨询工作，在服务地方经济、发挥智库作用及制订发展规划等方面做出了突出贡献，取得了良好的社会效果。学生也积极参与相关活动，综合素质得以大幅提升。
该系与全球16 个国家和地区的 38 所大学签署学生交换、教师互访、合作研究协议。所在的管理科学与工程学科在高水平学术成果、国际化人才培养、政府和企业决策支持方面具有较高影响，综合实力在国内综合性高校中居领先位置，物流与供应链领域居于世界一流地位，在POMS 等国际一流期刊发表诸多学术成果，并承担多项国家社科和自科重大或重点课题。2018年承办第 20 届国际电子商务会议。该学科的一些教师担任如中国管理科学与工程学会常务理事、中国系统工程学会常务理事、国际信息系统学会中国分会（CNAIS）常务理事等学会职务。同时，与国外一些知名高校建有长期合作交流（如美国哈佛大学，MIT，德州大学奥斯汀分校，圣塔克拉拉大学，明尼苏达州立大学，香港中文大学，香港理工大学，台湾清华大学等），聘请了多名海外教授（如美国工程院院士田家美教授、清华大学陈剑教授等）任本学科名誉教授和客座教授。
